存疑不起訴，又叫做證據不足的不起訴。存疑不起訴是檢察機關對于經過補充偵查的案件，但是仍然認為證據是不足的，也不符合起訴條件的，從而作出的不起訴決定。
《人民檢察院刑事訴訟規則》第二百八十七條規定，人民檢察院根據刑事訴訟法第一百四十條第四款規定決定不起訴的，在發現新的證據，符合起訴條件的，可以提起公訴。這是檢察機關對存疑不起訴案件保留公訴權的行為規范。
上海刑事律師認為檢察機關作出對存疑不起訴案件，發現新證據后提起公訴的規定，一方面違反了《刑事訴訟法》的規定，該法并未規定發現了新證據可以起訴；另一方面，該規定對保障嫌疑人的合法權益極為不利。對于存疑不訴的被不起訴人，社會上一般認為對其被不起訴也是“不清不白”的評價，是罪與非罪懸而未決的。存疑不起訴決定一經宣布，被不起訴人將會受到各種不平等待遇，如晉級、提升、調資等受到影響。
雖然該規定一定程度保護了被害人的利益，檢察機關保留對嫌疑人的公訴權，是積極的。但從另一方面看，疑罪從無也是我國一項重要的刑罰原則，也是國際慣例，對于補充偵查證據不足的，理應由法院作出被告人無罪的判決，或檢察機關應作出嫌疑人的行為不構成犯罪的決定，而終結訴訟。
