根據1993年兩岸海協會、海基會簽署的《海峽兩岸公證書使用查證協議》規定，中國公證協會或有關省市區公證協會與臺灣海基會分別為兩岸公證書相互聯系的主體。臺灣公證機構出具的公證書副本將通過兩岸兩會寄至有關省市區公證協會。上海婚姻律師表示，不需再去查詢海協會辦事機構，只要憑有效身份證明原件和公證書正本原件到當地的公證協會申請比對即可。
具體辦理程序為，先查詢臺灣地區公證書副本是否已寄達。臺灣寄往大陸的公證文書一般需要25至30天，在未收到臺灣公證書副本時，大陸公證機構將不予驗核。因此，當事人可事先到省公證協會涉臺公證書驗核窗口查詢，
如是協議離婚，需要攜帶的證件包括身份證、戶口本、兩岸出入境往來通行證，以及公證書正本原件等;如是經臺灣地區相關法院判決離婚，在上述證件外，當事人還需到原大陸戶籍所在地的中級人民法院辦理兩岸民事判決確認書。省公證協會經比對正副本相符的，將出具比對一致的證明，連同公證書正本一并提供相關單位、部門采用。
上海離婚律師提醒，辦理涉臺公證文書比對時要注意文書時效性。臺灣公證機構出具的離婚公證書，其中，判決離婚公證有效期為兩年，協議離婚公證則沒有期限。
