協議離婚相對于訴訟離婚的缺陷主要有：
1．的內容，不具備強制執行力。協議離婚的協議書內容，不像法院的判決和調解書一樣，具有法律效力。協議離婚后，如果一方當事人不履行協議離婚中的義務，比如，不按期支付撫養費，或不履行房屋過戶手續，或不履行支付共同財產折價款的義務，另一方當事人還得另行起訴打官司，讓法院確認離婚協議有效并賦予強制執行權利后，再申請法院執行。
2．離婚協議書的內容，可能會隱藏有后患。由于當事人不具備應有的法律素質，加上有些婚姻登記機關的相關法律知識相對較少，在審核相關離婚協議時，看不到離婚協議書中隱藏的風險，或對一方當事人不利的因素，導致可能有后患發生。
3．離婚協議書的內容，當事人從訴訟程序上有反悔的權利。根據最高人民法院關于適用《中華人民共和國》若干問題的解釋（二）（以下簡稱為《婚姻法解釋》（二））的規定，男女雙方協議離婚后一年內就問題反悔，請求變更或者撤銷的，人民法院應當受理。但該文件同時規定，人民法院審理后，未發現訂立財產分割協議時存在欺詐、脅迫等情形的，應當依法駁回當事人的訴訟請求。但畢竟一方當事人離婚后一年內從司法程序上有反悔的權利。
