第一難 范圍界定
既然要清理小產權房，就應該清楚什么是小產權房。國土部門給出的定義是，小產權房是占用集體土地搞建設，并向集體組織以外的成員銷售的商品住宅。
曾經開發過小產權房的王先生對記者說：“現在小產權房的情況很復雜，光靠這個概念，還很難劃分出什么算小產權房。比如以號稱‘全國最大小產權房’通州張灣村太玉園(資料、團購、論壇)為例。太玉園有100棟樓左右，被張采路分為東西兩個區：西區以村民自住的回遷房、疊拼、獨棟別墅為主;東區是近40棟主要賣給‘外來戶’的6層小板樓。如果按照國土部門的‘定義’，我理解東區的房子就應該算小產權房，但據我所知，一些當地村民也有買東區房子的，這些村民買的算不算小產權房?這些村民中，有本村村民，也有外村村民，外村村民買的算不算小產權房?”
“再說西區，西區的部分房子最初是分給村民回遷的，我感覺不應算小產權房，但這幾年來，有村民已經把房子以商品房的價格賣給‘外來戶’了，這樣的房子算小產權房嗎?另外，如果年老的村民去世，子女繼承，子女是城鎮戶口，應該怎么算?更重要的一點，西區有的房子是建在宅基地上的，有的是建在耕地上的，按國家規定，房子是不能建在耕地上的，這樣的房子算不算小產權房……”王先生說，他舉的僅僅是幾個簡單的例子，事實上，小產權房的具體情況更復雜，如何界定對于政府部門來說比較難，工作量也比較大，這應該是小產權房清理新政難產的一個重要原因。
第二難 法律確責
如果小產權房的概念、范圍確定了，那么該如何清理呢?這就需要有一個“清理”的法律依據。對此，曾經專門研究過《土地法》的北京市京華律師事務所知名律師秦兵分析說，對于小產權房算不算“違法”實際上在法律界、政府各部門是有不同觀點的。
首先，在法律上，小產權房問題的背景是因為我國的城鄉二元體制，根據現行法律，集體土地只有先被征收為國有以后，才能進入二級市場流轉，這表明了集體土地和國有土地在土地市場中的不同地位，對于這個地位不同是否合理，大家的認識不同。
秦兵認為，以前農村集體土地上的房屋是不能買賣的，目前國土部正在進行農村集體土地的確權工作，理論上，確權之后就可以上市交易了。那么從某種意義上講，集體土地和國有土地在土地市場中的地位就平等了，隨之而來的，有可能我們的《土地法》及相關規定也要改。
從合理性上，對于小產權房是否違法，法律界、政府有關部門也有不同看法。有人認為大中型城市商品房房價過高是小產權房形成并發展的一個重要原因，城市中低收入工薪階層在無法承受高房價情形下只好冒險購買小產權房。而有些人認為，購買者明知小產權房不合法，但依然購買，往往是出于一種投機心理，這種投機心理是對政府政策的冒險挑釁。這種“不同看法”讓政府對小產權整治方案的出臺謹小慎微，變相給了小產權房“野蠻生長”的機會。
第三難 過錯處理
大多數小產權房都是這樣的開發模式：以“舊村改造”、“村鎮建設”、“新農村建設”等名義，由村委會或鄉鎮政府主導開發，利用宅基地或其他集體建設用地、甚至占用耕地建造住宅，滿足當地農民的居住需求后，將其余部分進行銷售，所獲收益歸集體所有，向全體村民分紅，并由村委會進行物業管理，安置村民就業等。
“在這個開發鏈條中，染指的各方幾乎都是受益者。首先，由于不用交納土地出讓金和各種稅費，小產權房的主導者村子或者鎮里可獲超額利益;其次，合作開發商也可按比例分成，收益一般也會超過商品房開發所得的收益;第三，村民除自住房外也可獲得分紅，盡管這部分收益，不少村民都不是很滿意;第四，購房者購買到了遠遠便宜于大產權的房子。村、鎮、開發商，甚至是村民、購房者形成了一個強大的利益共同體。”王先生分析。
“存在過錯的不只是買房人、開發商、村集體，還包括鄉鎮政府，甚至更高一級政府。如果沒有各區縣、鄉鎮政府的批準或默許，村集體、開發商不敢冒那么大風險去違法開發建設小產權房。”王先生總結道。在他看來，多數小產權房都是開發商、村集體與鄉鎮政府“合謀”的產物。現在，政府舉起鞭子，不能精準地打在某一個人身上，也是政府出臺清理方案難產的原因之一。
