法律風險
鄉產權房的流通轉讓存在很多的限制，因為鄉產權房只具備了普通商品房的使用性質，但不具備普通商品房的法律性質，其實并不是商品房。所以，法律法規對商品房的相關規定和制度對鄉產權房是無效的，人民法院也不能適用商品房買賣的法律規定及司法解釋處理涉及鄉產權房的案件，購房人的權益很難得到維護。同時，由于購買鄉產權房的合同是無效的，因此根據法律規定購房人只能要求開發商退還購房款并按銀行同期貸款利率支付利息等。但是根據目前已有的案例來看如果購房人明知所購房屋是鄉產權房仍然購買的，由于己方有過錯，可能人民法院就不會支持其要求賠償損失的請求。而且即使開發商違約，由于合同無效，購買人的權利將無法得到保障。由于鄉產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內，因此在使用房屋的過程中，如果遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，其救濟途徑就非常有限。
小產權房
最典型的案子就是1994年全國各地的畫家入駐通州宋莊，逐漸形成全國最大的畫家聚集地。但由于房價飛漲等多方面原因，陸續發生賣房農民因反悔賣房起訴畫家的案件，至今已經形成13起討房訴訟。
2007年7月，畫家李某第一個接到了一審敗訴判決書，法院判決合同無效，要求原房主按照評估價給李某9.3萬元補償款，李某于判決生效90日內騰房。李某遂向市二中院上訴。
2007年12月，二中院終審首次認定“畫家村”農村房屋買賣合同無效，但判決中指出合同無效主要責任在于農民反悔，李某可就賠償問題另行主張。
政策風險
在購買的是在建鄉產權房，購房人與開發商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓鄉產權房的建設項目，可能就會導致部分項目停建甚至被強迫拆除。那么結果只能是購房人找開發商索要購房款，購房人就可能面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。另外，購房后如果遇到國家征地拆遷，由于鄉產權房沒有國家認可的合法產權，購房人并非合法的產權人，所以其很可能無法得到對產權進行的拆遷補償，而作為實際使用人所得到的拆遷補償與產權補償相比是微乎其微的。
監管缺位
目前，鄉產權房屋的開發建設還沒有明確的規定加以約束，開發建設的監管同樣存在缺位。而鄉產權房屋的開發得不到銀行貸款支持，開發過程中其大量的開發資金沒有政府和銀行進行監管，主要依靠開發商自律進行開發建設，一旦開發單位的資金或其它環節出現問題，極有可能變成爛尾工程。如果是將購房資金預交給沒有任何資質和監管的開發單位，對購房者而言，資金的安全，開發商資金是否按時到位，是否能夠按質按時的交付房屋存在著很大的風險。同時，開發單位的資質沒有，房屋質量和房屋售后保修難以保證。而且，入住后的物業管理也極易出現問題。
轉讓風險
根據《中華人民共和國土地管理法》的規定，農民集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用于非農業建設。而農村宅基地屬集體所有，村民對宅基地也只有享有使用權，農民將房屋賣給城市居民的買賣行為不能受到法律的認可與保護，也就不能辦理土地使用證、房產證、契稅證等合法手續。由此可見，鄉產權房是不能向非本集體成員的第三人轉讓或出售的。但這并不是說鄉產權房就不能轉讓，而是說購買后也不能合法轉讓過戶。其同時對房屋的保值和升值也有很大影響。
對于小產權房風險的解決方法
全國政協委員、民進中央常委、清華大學政治經濟學研究中心主任蔡教授表示，對于那些違法違規占用農地開發建設的小產權房項目要堅決地予以取締。要加強農村集體所有土地的審批力度，對以租代征等違規使用土地的現象要堅決予以制止。但是對于那些在農村集體建設用地和宅基地上建設的小產權房，在政策上則要加以區分，要盡量利用經濟手段、用科學發展的長遠眼光來提出對策，解決問題。
承認現實，平衡利益
許多小產權房是村集體之間通過整合集體所有的建設用地和宅基地，然后再在整合之后的集體土地上建設的。這事實上是對集體土地有效入市流轉的一種嘗試。這類小產權房不僅解決了城市居民住房難的問題，也實現了農民增收，在一定程度上緩解了民生問題。很多城市居民都已經購買了這類房產，這也證明了小產權房的確存在一定的市場。因此，除非嚴重影響國家和城市的統一規劃，對于那些合理合規建設的小產權房，在補辦相關手續補交相關費用之后應當給予相應的正式產權。為了防止不納入規劃建設房屋現象的進一步蔓延，對于正在建設和新建的小產權房則要抓緊納入城市統一規劃當中，經過合理的審批程序予以確認或者制止。
有效配置土地資源
現在國家頒布的各項政策，都是全國一刀切的行政命令，而對于集體建設用地上建設的小產權房，應該努力運用經濟手段進行調控，而不是單純運用行政手段甚至進行大面積的拆毀。這樣可能會激化社會矛盾，把好事變成壞事。
首先，小產權房的出現無疑會導致地方政府土地出讓金收入的縮減，建議加緊改革現行稅收體制，縮小中央財政收入的比例以緩解地方財政過渡依賴土地收入的狀況。如果能夠有效壓制住土地財政日益泛濫的勢頭，再加強對開發商的規范和監管，商品房的價格就會趨于合理的空間。
其次，在我國稅收收入逐年穩步遞增的情況下，中央和地方都應加大財政轉移支付力度，尤其應當主導建設更多的廉租房。如果政府能夠提供足夠數量、價格合理、區位適宜的此類保障性住房，并且形成合理有效的分配機制，那么小產權房就不會具有如此的規模和吸引力。
深化土地產權變革
農村的集體建設用地(包括宅基地，如果還繼續實行集體所有的話)，應該和城市的國有建設用地具有同樣的權利，并按照同樣的市場原則定價。城市居民的宅基地，雖然是國有，但是其使用權可以出租、抵押、繼承和轉讓，而農村居民的宅基地(使用權)卻既不能出租、抵押，又不能繼承轉讓，城市居民的住宅可以賣給出價高的任何人，而農村居民的住宅不能賣給出價更高的城市居民，這既違反了同地、同權、同價的原則，又限制了居民遷徙定居的自由。應該實行國有建設用地和集體建設用地“統一市場”，達到“同地、同權、同價”。進行城鄉土地市場體系建設，關鍵在于賦予城鄉集體建設用地相同的權益，“同權”是根本。同為建設用地，已經不存在土地轉用問題，應當具有平等的產權，實行“同地、同權、同價”。
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