(一)對抵押物價值過高評估
一般認為，評估偏差率超過20%即為評估重大差異，而這部分業務量竟然占到了已審核業務總量的52%。在銀行發放的這部分抵押貸款中，很大一部分貸款無法被抵押品實際價值所覆蓋，抵押品從一發出就不足值，這將給銀行貸款帶來極大的風險。
(二)不能準確把握抵押物隱含的風險
這一方面主要是由于評估師或評估機構對房地產抵押貸款評估認識不夠深刻、評估業務執行不夠細致所造成的。例如在評估時忽視房地產的變現能力評估，忽視房地產產權存在瑕疵造成的風險，忽視制約抵押物價值的其他因素等等。抵押貸款評估是為了確定到期不能償還而需要強制出售時該房地產的價值能夠達到的數額，即保障抵押貸款清償的安全性。
(三)忽視抵押貸款項目的可行性評估
房地產抵押貸款是在借款人的償還能力即第一還款來源之外，以房地產抵押物代償為條件設置了第二還款來源。當第一還款來源出現問題時，借款人無法用正常經營活動所產生的現金流來歸還貸款時，銀行可通過處置抵押物獲得補償。從這一意義上出發，房地產抵押物本身在降低貸款風險，減少貸款損失方面發揮著重要作用。因此，大部分銀行及評估機構把借款人能否提供抵押物作為能否貸款的主要依據，而忽視了對借款人的償付能力進行分析。事實上，無論采取何種貸款方式，借款人第一還款來源才是至關重要的，第二還款來源只是起必要的補充作用。而且在制度層面上，抵押房地產的價值受到一系列因素的影響，很難確定，拖欠時間越長，資不抵債的可能性越大;在操作層面上，現行評估方法及評估人員的主觀因素往往導致了抵押評估值的虛高。大量事實證明，當第一還款來源出現問題時，銀行對第二還款來源的追償往往是艱難的，而且也很難通過處置抵押物來填補貸出資金的空缺。銀行大量不良金融資產也多源于此[1]。
(四)評估機構在房地產抵押貸款業務中處境尷尬
在房地產抵押貸款業務中，銀行、評估機構和貸款客戶三者缺一不可，但三者的關系卻非常微妙，既相互依賴、相互制約，又相互利用、相互不信任。
三者的關系中，銀行在貸款前處于最有利的地位。房地產市場的繁榮為銀行抵押貸款的發放提供了選擇的余地，因此銀行需要評估機構對貸款客戶進行審查和監督，以此保證自身資金的安全性。評估機構作為促成銀行和客戶聯姻的紐帶，其作用是很重要的，但在實際中，評估機構往往處于一個很尷尬的位置，一方面，要盡量滿足客戶所提出的種種要求，因為客戶是評估報告的買方;另一方面，要兼顧銀行的利益，因為評估報告要經過銀行的審查，不合格的評估報告會被銀行拒絕，這也可能造成銀行對該評估機構的封殺。
銀行、評估中介和貸款客戶三者博弈雖不是主流，但卻是業內公開的秘密，產生的原因主要是由于制度和體制方面的因素，但是這種局面卻使評估中介失去了其原有的公正性和獨立性的特點，同時也加大了銀行的系統風險。
(五)估價師隊伍素質參差不齊
在抵押評估事務中，評估師出具的抵押評估報告是銀行給貸款方提供貸款額度的重要依據，銀行在評估值的基礎上按一定的比率向貸款方提供貸款，因而評估師或評估機構應該對貸款負有相當的責任。但是在實際操作中，評估師或評估機構的權利和義務是不對等的。一旦貸款方違約，銀行收回抵押物并對其進行依法拍賣時，銀行可能會因為評估值和拍賣金額相差太遠而遭受巨大經濟損失，然而評估師或評估機構并不會承擔相應的責任，銀行一般也不會把評估機構告上法庭。
(六)制度建設落后，行業規范缺乏約束性
雖然房地產評估行業隨著房地產業的繁榮得到了快速的發展，但仍處于發展的初級階段，很多房地產評估機構是近幾年由原來的政府房地產評估機構脫鉤改制而來，它們與政府部門還存在著千絲萬縷的關系，這也使得它們能夠通過政府關系去壟斷市場，而不是通過正常的市場競爭去獲得業務;有的機構實力不強，評估人員素質有待提高;有的機構在執業過程中不遵守房地產評估的技術規范和職業道德，迎合委托方的不正當要求，搞虛假評估，不顧誠信準則，“高估”、“低估”，損害評估的真實性，侵害公共或部分人的利益，這樣，若實現債權時處置抵押房地產，銀行就要受經濟損失。總的說來，房地產評估在操作層面的問題很大程度上也來自評估制度的不完善和市場的不成熟。
完善房地產評估防范房地產金融風險的措施
(一)評估理論和評估方法方面
1.借鑒國外的評估理論和方法
中國由于在評估理論和方法研究上的滯后，在抵押評估實務中幾乎都采用所謂保守原則下的市場評估，未能把借款人收益、貸款比率、貸款利率、貸款年限等抵押貸款中的各項基本要素納入評估過程的計算分析中，忽略了貸款對投資者現金流量引起的種種變化，缺乏科學依據，主觀性大。
2.對現有評估方法進行創新和完善
在中國由于抵押物評估和抵押物處置存在著脫鉤的關系，因為一般規定抵押評估報告的有效期為一年，而在這一年當中房地產市場可能發生了很大的變化，若這時候對抵押房地產進行處置，抵押物的現值與評估價值就會存在相當的差異。
(二)評估師隊伍建設方面
1.嚴格評估師行業準入
日本的房地產評估行業對評估師的選拔是非常嚴格的，評估師必須要通過單個層次的嚴格考試，并且考試的淘汰率是非常高。
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